您的情况涉及到版权和合同法的问题。首先，关于版面费和发票费用，根据相关法律规定，如果杂志社没有提供发票，您有权要求退还这部分费用。其次，关于论文发表时间的问题，如果您在8月就提出修改请求，并且在规定时间内提交了修改后的论文，那么杂志应该按照约定在9月份或10月份出版期刊。然而，期刊实际上是在12月份邮寄给您，这违反了双方的协议。最后，关于扣款问题，如果杂志社确实是因为您的论文未能按时完成而扣除了部分版面费，那么这一做法是合理的。但是，如果扣款比例过高或者不合理，您可以考虑通过法律途径来解决。在此过程中，建议您保留好所有的邮件往来记录、支付凭证等证据，以便于证明您的权益受到侵害。同时，也可以考虑寻求律师的帮助，以确保您的合法权益得到保护。