在办理房产证的过程中，如果仅有三家机构盖章，那么这通常意味着至少有两家机构已经对相关文件进行了审查，并且确认了这些文件的合法性。然而，为了确保整个过程的完整性和准确性，建议您详细检查每一份盖章文件的内容和手续是否齐全，以及是否有任何遗漏或错误。 此外，如果您有任何疑问或担忧，请务必向专业人士咨询，以确保您的权益得到保护。律师或房地产经纪人可以提供专业的意见，帮助您解决可能遇到的问题并确保整个流程顺利进行。