在公司申请破产过程中发现高管存在职务侵占行为的情况，应当按照法律规定来处理。根据《中华人民共和国企业破产法》的规定，对于职务侵占行为的高管，如果其行为构成犯罪，应当依法追究刑事责任；若不构成犯罪，则可以对其采取一定的行政处罚措施，如罚款或拘留等。 具体而言，公司作为债权人，在申请破产的过程中，有权要求债务人及高管人员对公司进行清算，并追回所欠款项。如果在破产程序中发现高管有职务侵占的行为，那么公司有权依法行使追偿权，通过诉讼等方式请求法院判决高管承担相应的赔偿责任。 此外，如果公司的债权人对高管的职务侵占行为不满，也可以单独提起民事诉讼，要求高管赔偿损失。因此，对于公司在申请破产过程中的发现情况，应当依据相关法律法规的规定，结合具体情况，依法妥善处理。