根据《最高人民法院关于适用〈中华人民共和国民法典〉婚姻家庭编的解释（一）》的规定，父母双方对未成年子女抚养权有争议的，应当尊重未成年子女的真实意愿。因此，在夫妻离婚不满两周岁的孩子案件中，如果孩子的年龄较小且其真实意愿表示愿意跟随母亲生活，则一般情况下法院不会判决由父亲单独抚养。 然而，具体到每个案例中，是否判决由母亲或父亲抚养，还需要考虑多个因素，包括但不限于孩子的年龄、健康状况、生活环境、教育水平等，并最终依据法律规定和实际情况做出决定。在处理此类案件时，应充分听取当事人及其代理人的意见，并综合考量所有相关因素后作出公正裁决。