根据《中华人民共和国公司登记管理条例》第三章第二十二条的规定。“有限责任公司的注册资本为在公司登记机关登记的全体股东认缴的出资额。公司全体股东的首次出资额不得低于注册资本的百分之二十，也不得低于法定的注册资本最低限额，其余部分由股东自公司成立之日起两年内缴足；其中，投资公司可以在五年内缴足。”因此，如果一家公司每月都有超过一百万元的收入，但其注册资本只有三万元，那么这种情况下，该公司的收入情况可能需要与投资者协商解决，以确保公司的财务健康和合法合规性。同时，建议及时向当地工商行政管理部门或会计师事务所咨询，以便获得更专业的意见和帮助。