根据《刑事诉讼法》第89条的规定，公安机关在侦查过程中，发现不应对犯罪嫌疑人追究刑事责任的，应当撤销案件；需要追究刑事责任的，重新制作起诉意见书，移送人民检察院审查。因此，在侦查阶段，如果公安机关认为犯罪事实不清或者证据不足，可以依法撤销案件，并将犯罪嫌疑人的保证金退还给犯罪嫌疑人。 但是，需要注意的是，这并不意味着保证金可以完全退回。根据法律规定，公安机关在撤销案件后，仍然有可能对犯罪嫌疑人进行行政处罚，例如罚款等。此外，如果犯罪嫌疑人在侦查阶段已经接受过处罚（如拘留），则其保证金也可能被没收或上缴国库。 总之，如果公安机关决定撤销案件并要求返还保证金，应按照法定程序办理，不得擅自处理保证金或其他财物。同时，如果犯罪嫌疑人在侦查阶段已经接受过处罚，保证金可能无法完全退回。