尊敬的用户，关于您提出的问题，我作为专业的律师，在这里提供一些信息和建议。 分居是夫妻双方自愿选择的一种状态，但并不影响父母子女之间的权利义务。在分居期间，孩子的抚养权通常由双方协商决定或通过诉讼程序确定。 在申请离婚时，考虑孩子的最佳利益是非常重要的。因此，您需要与对方协商并达成一致意见，比如共同照顾孩子或者一方单独承担主要抚养责任等。 如果无法达成协议，您可以考虑向法院提起诉讼。在诉讼过程中，法官将根据双方的具体情况和孩子的实际需求来做出判决。同时，考虑到家庭和睦和社会和谐，法官更倾向于保护未成年人的利益。 关于孩子的监护权，最终的决定权在于法院，而不仅仅是您的意愿。如果您对孩子的成长有特别的关注和贡献，这可能会影响法院对监护权的分配。 总之，处理类似问题的关键是要以孩子的最佳利益为出发点，尽可能地寻求共识，并在必要时通过法律手段维护自己的权益。希望我的回答能够帮助到您。