可以。根据《中华人民共和国民法典》第一百零七条的规定。“当事人一方不履行合同义务或者履行合同义务不符合约定的，应当承担继续履行、采取补救措施或者赔偿损失等违约责任。”因此，如果发包方造船厂没有按照合同约定支付款项给某甲公司，某甲公司有权要求其支付剩余的50万元。此外，《中华人民共和国民事诉讼法》第二百二十九条规定。“人民法院审理民事案件，应当根据自愿和合法的原则进行调解；调解不成的，应当及时判决。”因此，即使发包方造船厂拒绝支付款项，也可以通过诉讼方式解决纠纷。