根据您的描述，您在购买二手车时与金融机构签订了按揭贷款合同，并且已经偿还了部分款项。然而，在车辆被公安机关扣押并经法院判决为犯罪工具车辆后，车辆被依法没收。此时，关于剩余的贷款部分应当如何处理的问题需要进一步分析。 首先，如果您是在购车时即选择了分期付款的方式，那么剩余的贷款部分应当由贷款人继续还款。这通常意味着按照原定的分期计划进行，直到全部债务结清为止。 其次，如果剩余的贷款部分并非由您自己承担，则可能涉及不同的情况。例如，如果贷款是通过银行或其他金融机构提供的，那么剩余的贷款部分应该由贷款机构负责处理。在这种情况下，他们可能会要求您或借款人继续履行合同义务，或者采取其他措施来确保按时还款。 最后，如果剩余的贷款部分是通过第三方提供，如保险公司等，那么这部分债务也应由该第三方负责处理。因此，对于剩余的贷款部分，建议您联系相关金融机构或债权人了解具体的处理方式和责任分配。 总之，解决这个问题的关键在于明确贷款合同中的具体条款以及相关的法律规定。您可以向金融机构或法律顾问咨询，以获取更详细的指导和帮助。