在行政执法过程中，如果发现违法当事人拒绝配合调查询问笔录的情况，执法机关可以采取以下几种方法来处理。 口头警告。执法人员可以直接对违法行为人进行口头警告，并告知其拒绝提供信息将承担的法律责任。 书面通知。执法人员可向违法行为人发送书面通知书，明确指出其应当配合调查的事实和后果。 强制措施。在确保安全的前提下，执法人员可以采取强制措施，如扣押物品等，以保障调查工作的顺利进行。 申请法院强制执行。对于一些严重的抗拒行为，执法机关可能需要考虑申请人民法院强制执行相关法律规定中规定的限制令或拘留令。 案件的后续处理方式取决于具体情形。例如，在确认证据确实存在的情况下，如果违法事实确凿无疑，通常会直接作出行政处罚决定；如果情况复杂或者证据不足，则可能会进入听证程序，由行政机关组织专家论证后作出最终裁决。在整个过程中，执法机关应严格遵守法律法规，保护当事人的合法权益，同时保证调查过程的公正性和合法性。