根据法律规定，对于涉及公共利益的工程，应当由政府或相关机构负责治理。在本案例中，中石化和村委会之间的协议已经解决了大部分资金问题，剩下的资金属于村集体所有，应当用于村庄基础设施建设等公共事业。因此，在没有得到相关部门同意的情况下，不得擅自处理剩余资金。