尊敬的用户，关于您提出的关于文物保护区内不得建设第二层房屋的问题，我建议您可以采取以下措施。 首先，如果您已经花费了一定的资金用于房屋修建，并且已经到了需要改变规划和申请新的许可阶段，那么最好先与当地文物管理部门进行沟通，了解是否真的存在保护区内禁止建造第二层建筑的规定。如果确实存在这样的规定，可以尝试寻找其他合法的方式解决您的住房需求。 其次，如果该区域没有明确禁止建造第二层建筑的规定，您可以考虑寻求律师的帮助，评估您目前的情况是否允许您继续施工，并提出相应的解决方案。此外，也可以考虑向法院提起诉讼，要求确认该区域是否有明确规定，以及该规定是否合理有效。 最后，无论采取何种方式解决问题，都应确保遵守相关法律法规，避免因违法行为而受到不必要的法律制裁。同时，在处理此类问题时，应注意收集证据以证明自己的合法权益，并尽可能地维护自身利益。希望以上信息对您有所帮助，如有更多问题，请随时联系我。