您好！根据您提供的信息，双方在交通事故中达成了5000元的赔偿协议，并且约定该款项由保险公司承担。这种情况下，您可以向保险公司提出索赔申请，要求其按照协议支付相应的款项。如果您对赔偿金额有疑问或者需要进一步的帮助，请及时联系专业的律师进行咨询和处理。希望我的回答能够帮助到您。