在买房协议中，如果双方当事人就房产的份额达成一致意见，并在协议上签字，通常这样的协议是有效的。根据《中华人民共和国合同法》的规定，合同的成立需要当事人的真实意思表示，并且合同内容不违反法律、行政法规的强制性规定。只要协议中关于份额的约定是双方自愿且真实的意思表示，且不违反法律规定，那么该约定就具有法律效力。 然而，需要注意的是，协议的效力还可能受到其他因素的影响，比如是否存在欺诈、胁迫等情形，或者协议内容是否明确具体等。此外，房产份额的约定还需要符合物权法的相关规定，比如在不动产登记时，需要按照协议约定的份额进行登记，以确保物权的合法性和稳定性。 因此，如果双方在买房协议中对房产份额有明确的约定，并且双方都签字确认，那么该约定是有效的，但最好在签订协议前咨询专业律师，确保协议的合法性和可执行性。