如果员工没有按规定程序提交辞职申请书，而直接自行离开工作岗位，那么通常情况下，公司有权扣留其未领取的工资。这种行为可能违反了劳动法中关于提前通知和书面协议的规定。 在某些情况下，如果员工确实有正当理由需要立即离职（例如家庭紧急情况），并按照公司的规定提供了必要的证明材料，那么雇主可能会考虑减轻或免除对未领取工资的处罚。 然而，无论哪种情况，员工都应该尽可能地以书面形式提出离职，并遵循公司的正常离职流程。这样不仅可以避免未来的纠纷，还可以维护自己的合法权益。