根据我国相关法律法规的规定，发生交通事故后，如果双方已经达成赔偿协议并履行完毕，那么工程承包公司和死人的公司应当按照协议约定的数额进行赔偿。在此情况下，工程车不再需要为死者家属承担任何额外的责任或费用。 然而，如果双方未能就赔偿事宜达成一致，或者事故发生的原因复杂且涉及多个责任方，则可能需要考虑其他途径解决纠纷，如通过诉讼等方式寻求司法救济。 最终的处理结果将取决于具体的案件情况和法律规定。建议您与专业的法律顾问详细讨论此事，以获得最准确和适用的法律意见。