电动车电瓶在公司被盗的责任应当依据具体情况来确定。一般情况下，如果被盗的电瓶属于公司的财产，那么根据《中华人民共和国民法典》的规定，公司有义务采取必要措施防止盗窃，并对因盗窃造成的损失承担责任。 具体到案例中，如果没有证据证明是员工个人行为导致的盗窃，且没有其他证据表明员工可能知情或者放任盗取，则公司可能需要承担一定的赔偿责任。然而，具体的赔偿金额和责任范围还需要根据实际情况进行分析。 建议您与相关部门沟通，获取更详细的法律意见，以便做出正确的判断和处理。