根据《中华人民共和国土地管理法》规定，承包方流转农耕地用于大型沼气项目经营时，必须遵守以下原则。 保护和改善环境的原则。 不得改变农用地性质的原则。 因此，如果该大型沼气项目符合上述原则，并且不改变农用地性质，则其占用农耕地是合法的。但是，在实际操作中，建议承包方在签订合同时详细明确约定，确保双方都清楚了解和遵守相关法律规定，以避免任何争议。