协议离婚后，双方可以就子女的抚养权和居住地等问题达成一致意见。如果协议中明确约定将孩子的户籍关系由男方转移到女方名下，则通常情况下女方有权自行决定是否迁移。但是，这需要满足一定的条件，例如，迁移前必须征得男方的书面同意，并且该行为不会对双方的利益造成实质性的损害。 因此，在这种情况下，如果女方想要迁移孩子户籍到自己名下，而男方不同意，那么她可能需要考虑其他解决方案，比如通过法院诉讼来解决这个问题，或者与对方协商寻找一个双方都满意的解决方案。但需要注意的是，具体的处理方式应依据当地法律法规及具体案件情况来定。