《中华人民共和国民法典》第六十条规定。“当事人应当按照约定全面履行自己的义务。”因此，即使合作建房协议被认定为无效，甲方仍然有权要求乙方按照协议履行其应尽的义务。 根据《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》（以下简称“司法解释”）的规定，如果因工程质量问题导致承包人请求发包人支付工程价款时，人民法院不予支持。但在本案例中，由于双方签订的合作建房协议并未违反法律强制性规定，且具有一定的合理性，因此，法院可能会认为该协议有效，并且在乙方未按期完成建设的情况下，甲方仍有权要求乙方承担违约责任，包括但不限于赔偿损失等。 总之，尽管合作建房协议可能被视为无效，但鉴于它并非完全违反法律法规，且存在一定的合理性和合法性，因此，法院很可能会对甲方的诉讼请求给予支持。最终判决结果将取决于具体的事实和证据情况。