根据我国法律规定，对于子女抚养权的判决应当综合考虑父母双方的经济条件、教育背景、工作环境以及孩子的年龄和身心健康状况等因素。如果两个孩子长期处于分居状态，且父亲未履行必要的抚养义务，可能会对孩子的成长产生不利影响。然而，具体判决结果需要依据具体的案情进行判断。 如果您认为自己有充分的理由要求法院判决您享有对孩子的抚养权，请向当地人民法院提交相关证据材料，并说明您的理由。同时，您可以寻求律师的帮助，以便更好地保护自己的合法权益。在处理此类案件时，法官会根据实际情况来做出决定，以确保每个家庭成员的利益得到公正对待。