在签署协议时，是否需要盖章取决于具体合同条款的规定。通常情况下，除非有特殊规定要求必须由双方共同签字，否则只需要盖章即可。 关于公对公付款和开票的问题，这通常涉及到商业交易中的支付流程和发票开具程序。如果公司与另一家公司在签订合同时已经约定使用公对公转账的方式进行款项结算，并且已按照法律规定开具了合法有效的发票，则这一过程是符合法律规定的。不过，在实际操作中，建议根据具体的业务细节和法律法规要求来确保合规性。 此外，为了确保交易的安全性和合法性，建议保存好所有相关文件记录，包括但不限于协议副本、付款凭证、发票等，以备将来可能的纠纷或审计之需。如果您有任何疑问或需要进一步的专业意见，请咨询您的法律顾问。