在您与开发商签订的购房合同中通常会有关于办理房产证期限的规定。根据您的描述，合同中可能约定了在一定时间内（如180天）必须完成房产证的办理，但之后的时间（3年后）才开始进行房产证的申请。 如果您已经支付了房产总价款的1%，且房屋价值为50万元，则意味着您已经投入了大约5万元作为首付款，并且还有45万元未支付。按照一般的房地产交易流程，如果需要申请房产证，通常需要先支付剩余款项并签署一系列相关文件，然后等待相关部门审核和颁发房产证。 因此，在这种情况下，建议您尽快联系开发商或通过专业的房产中介来了解具体的情况，并考虑是否需要采取进一步的行动，比如要求开发商加快手续办理进度或者重新审视购房协议中的条款。同时，确保保留好所有相关的书面证据，以便日后可能的争议解决。