根据《中华人民共和国个人所得税法》的规定，工资薪金所得实行超额累进税率，即应纳税所得额越大，适用的税率越高。在您提供的案例中，如果您的工资收入为一万元，则按照3%的比例缴纳个人所得税。 因此，在这种情况下，公司可以将扣除后的工资作为应纳税所得额的一部分进行税务处理，并按照规定比例计算出应缴的个人所得税，然后从您的工资中扣除这部分费用，剩余的部分才是您的实际工资。在这种情况下，公司的做法是合理的，因为它是依法履行了其作为雇主的责任，并且遵守了税法规定的计算方法。 请注意，这只是一个基本的解释，实际情况可能因地区政策的不同而有所不同。如果您有更具体的问题或需要进一步的法律建议，请咨询专业的税务顾问。