协议离婚后，如果双方在离婚协议中已经明确约定房产归男方所有，且房产价值为55万元，女方不配合过户，男方可以依法申请法院强制执行。首先，男方需要准备离婚协议书、房产证、身份证等相关证据材料，证明房产确实归男方所有，并且女方未履行过户义务。然后，男方可以委托律师向法院提交执行申请，请求法院强制执行离婚协议中的房产过户条款。法院在审查申请材料后，如果确认男方的申请符合法律规定，会发出执行通知书，要求女方配合办理过户手续。如果女方仍然拒不配合，法院可以采取强制措施，如冻结房产、强制过户等，以保障男方的合法权益。需要注意的是，申请执行需要在离婚协议生效之日起两年内提出，超过时效期限，法院可能不予受理。