在涉及合同关系时，如果一方声称一份协议是他们单独持有的，并且该协议的内容与另一方的主张不符，那么另一方有权质疑这份协议的真实性。因此，除非能够证明协议已经遗失或者被篡改，否则应当认为协议仍然有效。 然而，在某些情况下，即使一方持有协议原件，也有可能存在争议或异议，例如。 如果协议中包含有双方认可但未明确约定的条款，一方可能需要提供其他证据来支持这些条款的存在。 如果协议中的某些条款涉及到第三方的权利义务，而第三方对此表示反对，那么这部分条款可能被视为无效。 如果协议中存在格式条款，一方可能会提出这些条款未经充分讨论和同意，从而导致其效力受到限制。 总之，对于任何争议性较大的情况，建议寻求专业的法律意见以确保权益得到保护。