在司法实践中，对于被执行人的赔偿款的支付方式存在一定的灵活性。首先，如果被执行人已经同意按照协议或判决书规定的方式向法院缴纳赔偿款项，并且该行为得到了人民法院的认可和确认，则应当由法院根据实际情况决定如何处理这笔款项。 其次，如果被执行人将部分赔偿款直接支付给了申请执行人，这种情况并不违反法律规定，因为这通常是在执行过程中双方达成的协议，或者是在执行过程中发生的情况。在这种情况下，被执行人可以自行决定将部分赔偿款支付给申请执行人，但需要注意的是，这种做法需要得到人民法院的认可，以避免后续的纠纷。 最后，关于被执行人应收到何种形式的收款凭证的问题，具体取决于执行案件的具体情况和相关法律法规的规定。一般来说，执行机构可能会要求被执行人出具正式的收款证明，以便于记录和跟踪资金流向。因此，在此类情形下，建议被执行人与申请执行人协商并取得其认可的收款凭证，确保资金的安全和合法性。