你好！根据法律规定，如果企业存在违法行为，应当承担相应的法律责任。因此，如果你的企业因违法行为被工商部门责令整改，那么你需要按照规定进行整改，并承担由此产生的相关法律责任。 至于你提到的广告、投资等费用的损失，这可能需要通过诉讼等方式来解决。建议你在向工商部门提出整改申请的同时，也考虑寻求其他途径来解决问题。 同时，你也需要注意保护自己的合法权益，确保企业在经营过程中遵守法律法规，避免不必要的纠纷和损失。