首先，我必须强调的是，在任何情况下，未经双方协商一致并达成协议的情况下，不得擅自改变合同条款或要求支付额外的费用。 如果在审计过程中发现存在争议或需要调整某些项目，建议您与甲方进行沟通和协商，并明确告知其审计结果及可能的影响。如果双方能够达成共识并签署补充协议，则应按照新协议执行。否则，如甲方仍坚持要扣除未包含在审计报告内的部分款项，您可以考虑通过仲裁或其他法律途径解决争议。 请注意，以上仅是基于一般情况下的建议，具体操作还需根据实际情况来定。