在处理此类纠纷时，首先需要明确的是，亲子鉴定是基于科学原理进行的，其结果具有较高的可信度。如果亲子鉴定的结果存在争议，可以通过法院或相关机构进行进一步调查和确认。 对于孩子样本无效后，鉴定方不愿意退还费用的情况，建议采取以下步骤。 首先，与鉴定方沟通协商，了解具体原因及解决方案。 如果双方无法达成一致，可以考虑寻求第三方调解或仲裁解决。 在某些情况下，可以向法院提起诉讼，通过法律途径解决纠纷。 同时，在处理这类案件时，要注意保护当事人的合法权益，并遵循相关的法律规定，避免因不当操作引发不必要的纷争和矛盾。