您在国企职工医院工作29年后自行离职并申请了退休，但在办理退休手续时被告知您的工龄被清零，并且每月的退休金有所减少。这可能涉及到劳动关系和养老保险的相关法律规定。 首先，根据《中华人民共和国劳动民法典》的规定，劳动者解除合同应当提前30日以书面形式通知用人单位，否则将被视为违法解除合同。因此，在这种情况下，您可以考虑提起劳动仲裁或诉讼来维护自己的合法权益。 其次，关于您的养老金待遇，根据《社会保险法》的规定，个人缴纳的养老保险费和个人账户余额应作为参保人的基本养老金来源。如果您认为自己的养老金待遇受到了不公平对待，可以向当地人力资源和社会保障部门投诉或者提起行政复议。 最后，如果您的情况复杂，建议寻求专业的法律援助，以便更有效地保护自己的权益。