在实践中，如果赔偿协议书中的甲方仅加盖公章而没有签字，则可能会影响该协议的效力。法律规定，合同的成立需要双方当事人的意思表示一致，并且需要有书面形式或其它证明材料予以确认。因此，在这种情况下，如果没有其他证据证明甲乙双方存在真实的意思表示和书面形式的约定，那么该赔偿协议可能会被视为无效。 然而，需要注意的是，具体的法律适用会根据国家或地区的法律法规来确定。在中国大陆地区，通常遵循“谁主张谁举证”的原则，即只有提出请求的一方才需要提供证据证明自己的权利主张。因此，在涉及赔偿纠纷时，建议您寻求专业的法律帮助，以便更好地了解您的权益并采取适当的行动。