尊敬的客户，关于您所提出的问题，根据《中华人民共和国劳动法》及相关法律法规的规定，用人单位应当按照劳动合同约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬。在您的情况下，如果员工因病住院治疗，其医疗期满后仍未恢复工作能力，且连续病休时间达到6个月以上，可以视为解除劳动关系。因此，对于在此期间的工资，除非有特殊理由，如员工存在严重违反公司规章制度的行为等，否则应予全额支付。 另外，由于您提到“老板扣了31号一9月份3号的工资”，这可能意味着存在一些不规范或误解的情况。建议您与雇主进行沟通，了解实际情况，并确保工资发放符合法律规定。同时，也可以考虑寻求法律援助，以维护自己的合法权益。 最后，希望您的情况能够得到妥善处理，祝您生活愉快！