根据《中华人民共和国刑事诉讼法》的规定，对于刑事案件的调解，应当遵循自愿、合法的原则。在故意伤害案件中，如果双方当事人愿意进行调解，并且就赔偿金额达成了一致意见，那么可以视为已经达成协议。 然而，在这种情况下，双方是否能够最终达成一致赔偿金额还需要进一步商定。如果赔偿金额仍然无法协商一致，那么法院将不会支持其作为判决的基础。在这种情况下，可能需要重新启动诉讼程序，或者等待双方通过其他方式解决纠纷。 需要注意的是，即使双方同意调解并且达成了赔偿协议，但如果没有经过人民法院的审查和批准，该协议并不具有强制执行力。因此，建议在任何情况下都应谨慎处理此类问题，以避免不必要的法律风险。