根据法律规定，人民法院审理案件应当在立案之日起六个月内作出第一审判决。如果双方当事人均未提出上诉，或者在规定的期限内没有提起上诉，则该判决即发生法律效力。 在这个案例中，被告在规定的时间内提交了上诉，并且已经缴纳了上诉费用。然而，二审程序开始的时间超过了规定的期限。这种情况下，通常需要重新计算一审判决的生效时间以及二审程序的开始日期。 具体而言，一审判决于2017年9月28日做出，这意味着一审判决书是有效的，而二审程序应自一审判决送达之日起算起。因此，在2017年11月15日前提交上诉费用的情况下，二审程序应该在2017年11月15日之后开始进行。 需要注意的是，具体的计算方法可能会因地区和司法管辖的不同而有所不同。如果您有更详细的问题或需要进一步的帮助，请提供更多信息以便我为您提供更准确的回答。