根据《道路交通安全违法行为处理程序规定》（公安部令第163号）第五十二条的规定。“对机动车驾驶人违反道路交通安全法律、法规关于道路通行规定的，处以警告或者二十元以上二百元以下罚款。机动车驾驶人有下列行为之一的，一次记3分。……（四）货运机动车超过核定载质量载客的；”该案例中，司机违法装载货物超过了核定载质量，因此被处罚款和扣分。 此外，《中华人民共和国道路交通安全法实施条例》第六十二条规定。“货运机动车在城市道路上运载货物长度、宽度不得超出车厢，高度不得超过车厢栏板。”所以，如果司机没有按照规定装载货物，其车辆超出了规定的高度，也是构成违法运输的依据。 综上所述，您的理解是正确的，司机确实存在违法运输的行为，并且根据法律规定受到了相应的处罚。建议您向当地交警部门了解具体的处罚详情。如果您有任何其他法律问题，欢迎您再次提问。