在处理此类事故时，首先需要确定各方的责任。如果三轮车驾驶员存在违法行为或疏忽大意，则可能需要承担部分责任。同时，摩托车的维修费用也应当由责任人承担。 关于误工费和二次手术费用的问题，通常情况下，这些费用属于治疗过程中发生的实际支出，且是必要的医疗费用，因此应该由肇事者赔偿。然而，具体的赔偿金额需要根据实际情况来定，包括但不限于受伤者的收入损失、康复期间的经济负担等。在此情况下，建议通过协商或者法院调解的方式解决，以达成一个公平合理的赔偿协议。