在继承房产的案件中，如果双方当事人达成协议并提交了有效的协议书，法院可以依据该协议书进行确权。但是，需要注意的是，在某些情况下，如协议书未明确约定继承份额或存在争议，法院可能需要进一步调查和审理以确定最终的权利归属。 此外，即使已经通过法院确认了继承权，也建议及时办理相关手续，例如变更房屋产权登记等，以确保权利的有效性。同时，为了避免未来的纠纷，建议在签订协议时详细规定各方的权利义务，并尽可能保留证据以备不时之需。