根据《中华人民共和国民法典》的规定，当事人一方违反合同约定的，应当按照约定承担违约责任。如果您在签订三方协议时已经明确约定了违约金条款，并且该条款是双方同意并认可的，则违约金条款具有法律效力。 然而，在您完成专升本并就读本科的情况下，您的行为并未违反与原学校之间的协议。因此，您不需要支付违约金。请注意，具体的违约金数额和计算方法可能因协议的具体内容而异，建议您仔细阅读协议中的相关条款，以确保自己的权益得到保护。同时，建议您咨询专业的法律顾问，以便更好地理解和应对可能出现的问题。