根据我国劳动法的相关规定，员工在符合法定条件和程序的情况下有权提出离职申请，并且可以向与自己劳动合同关系所在的用人单位（即签订合同的甲方单位）或劳务派遣公司提出离职申请。但是，如果所在用工单位是第三方派遣单位，且其直属领导拒绝批准离职申请，则员工可以直接向该派遣公司的总部或者上级管理部门提交离职申请。 关于是否应该直接向签订合同的甲方单位提交申请的问题，这取决于派遣协议中是否有明确规定。如果有明确的规定，员工应当按照约定的方式提交离职申请；如果没有规定，员工可以选择向任何一方提交离职申请。然而，在实践中，大多数情况下建议直接向签订合同的甲方单位提交离职申请，以确保自己的合法权益得到保障。同时，员工也可以考虑委托专业的法律机构帮助自己处理相关事宜，以获得更好的法律保护。