《中华人民共和国劳动民法典》第三十条规定，用人单位应当按照劳动合同约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬。如果在劳动合同中明确约定的工资结构只包含绩效工资而不包括加班费，则该约定是不违法的。 然而，在实践中，很多公司在实际操作中可能会将绩效工资与加班费合并计算，并以此为依据进行工资发放。这种做法虽然表面上看起来合情合理，但实际上存在一定的风险。因为根据法律规定，即使工资结构中包含了绩效工资，也必须同时包含加班费等其他法定薪酬项目。因此，建议公司应谨慎处理此类问题，确保其工资制度符合相关法律法规要求。