根据《中华人民共和国行政强制法》第二十六条的规定，行政机关在作出行政处罚决定之前，应当告知当事人拟作出的行政处罚内容及事实、理由和依据，并告知当事人依法享有的陈述、申辩、要求听证等权利。在本案中，如果法院已经对被查封的房屋进行了查封，并且已经开始执行程序，那么法院可以直接行使征收权，无需经过被告人的同意或者签订任何协议即可进行征收。因此，在这种情况下，被告人的意见并不重要，法院可以直接征收该房屋。