《最高人民法院关于审理涉及农村土地承包纠纷案件适用法律若干问题的解释》第二十一条规定。“承包方对发包方违反有关法律法规规定，损害其合法权益的，应当要求赔偿。”因此，对于因化肥等农业物资使用导致的损失，应由承包方与发包方协商解决。如果双方无法达成一致，则可以通过诉讼方式解决争议。在处理此类案件时，需要根据具体情况综合考虑各种因素，包括但不限于化肥的质量、购买价格、使用成本以及化肥的实际使用效果等因素。同时，也需要考虑到化肥的价格波动和市场行情等因素的影响。此外，在进行索赔时，应注意收集相关证据，并确保所有操作符合法律规定，以维护自己的权益。