《中华人民共和国道路交通安全法》第七十六条规定。“机动车发生交通事故造成人身伤亡、财产损失的，由保险公司在机动车第三者责任强制保险责任限额范围内予以赔偿；不足的部分，按照下列规定承担赔偿责任。 （一）机动车之间发生交通事故的，由有过错的一方承担责任；双方都有过错的，按照各自过错的比例分担责任。 （二）机动车与非机动车驾驶人、行人之间发生交通事故，非机动车驾驶人、行人没有过错的，由机动车一方承担赔偿责任；有证据证明非机动车驾驶人、行人有过错的，根据过错程度适当减轻机动车一方的赔偿责任；机动车一方没有过错的，承担不超过百分之十的赔偿责任。" 综上所述，如果出租车司机因为乱收费而被投诉，并且在调查中发现其确实存在违规行为，那么运管机构有权对其进行扣押车辆和罚款的处理。但是，在这种情况下，运管机构应当依法进行，不得采取过激措施，如扣车等。同时，对于因违反交通规则造成的事故，还应该追究当事人的法律责任。因此，建议运管部门严格执法，依法依规处理相关事宜。