根据《中华人民共和国民法典》第六十条规定。“当事人应当按照约定全面履行自己的义务。”因此，在本案例中，如果双方之间存在合法有效的合同关系，并且甲已经支付了质保金，那么质保金的偿还应当由违约方即A公司负责。但是，如果合同中未明确约定质量保证金的归属或支付方式，则可能需要进一步确定相关权利义务。 在法律层面，关于质保金的返还，通常会涉及到合同中的具体条款或者法律规定。例如，《民法典》第一百八十八条规定。“向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。法律另有规定的，依照其规定。”若合同中有明确的质保金返还条款，应参照合同的具体规定来处理；若无则可以考虑适用上述法律规定，要求A公司承担赔偿责任。 综上所述，是否由A公司偿还质保金，以及如何处理与偿还款项的责任归属，应当根据具体的合同条款及法律法规进行分析判断。