合同纠纷中，如果一方认为合同存在瑕疵或无效，可以通过向法院提起确认之诉来寻求司法确认。在法庭上，如果法官判决合同有效，这并不意味着合同无效的主张被完全驳回，而是可能需要进一步的法律程序和证据支持。 在一些情况下，法院可能会要求当事人调整其诉讼请求，以反映新的事实和证据。这种做法是为了确保案件处理的公正性和准确性，并且避免因错误理解导致的结果。因此，在遇到这种情况时，建议您与律师详细讨论，以便了解具体情况并采取适当的行动。