根据您提供的情况，首先需要确认的是借款协议的内容是否明确，包括借款金额、利息、还款期限等关键条款。如果协议中这些条款都已明确，并且有借款人的签字和公司印章，那么这份协议在法律上是有效的。 如果对方公司已经停工，这可能意味着他们面临财务困难，可能无法按时还款。在这种情况下，您可以首先尝试与对方协商，看是否能够达成一种还款计划或者达成其他形式的和解。如果协商无果，您可以根据协议的约定，向法院提起诉讼，要求对方履行还款义务。 在诉讼过程中，您需要提供借款协议、转账记录等证据来证明借款事实。如果对方公司已经停工，可能需要对其财产进行保全，以确保在胜诉后能够执行到款项。建议在采取法律行动前，咨询专业律师，以确保您的权益得到有效维护。