根据《中华人民共和国城乡规划法》第三十七条规定，未取得建设工程规划许可证或者违反建设工程规划许可证的规定进行建设的，由县级以上地方人民政府城乡规划主管部门责令停止建设；尚可采取改正措施消除对规划实施的影响的，限期改正，处建设工程造价百分之十以下的罚款。因此，如果违法建筑在一定期限内进行了整改，并且可以采取整改措施来恢复其原貌，则可以办理产权证。但是需要注意的是，具体是否可以办理产权证还需要结合当地的具体政策和规定来进行判断。建议您咨询当地的规划部门或专业的房产评估机构以获取更准确的信息。