在婚姻关系中，自建房的房产证上通常只登记夫妻双方中的一个名字。这主要基于法律的规定和习惯做法。根据《中华人民共和国民法典》等相关法律规定，房屋的所有权应当归属于产权人，即房产证上的名字所对应的那个人。因此，在婚前或婚后自建房的土地使用权也应归该产权人所有。 至于土地证，它反映了土地所有权的情况。虽然房产证是产权证明的一部分，但并不直接反映土地的归属情况。一般来说，如果房产证与土地证上登记的名称一致，则说明土地使用权已经转移给了房产证上的所有人。但如果两者不一致，那么土地使用权仍然属于原来的土地权利人，而房产证上的产权人则拥有相应的土地使用权。 总的来说，结婚后自建房的房产证上只登记了其中一方的名字，这表明其拥有该房产的权利。同时，房产证与土地证的关系取决于土地是否已经被合法转让给房产证上的所有人。若土地证上的土地使用权已经转移给了房产证上的所有人，则两者之间没有直接关联；反之，如果土地使用权未转移，则两者的关联较为复杂，可能需要通过法律途径来确定具体的关系。