根据您提供的信息，合同中明确约定“甲方不得以直接或间接形式再招标”，这表明了双方对于合作方式和权利义务的约定。在此情况下，如果公司要求您补缴第二次续签合同的费用，且该费用超过了原合同金额，可能违反了您的权益保护。 建议您与公司进行协商，详细说明您的顾虑，并尝试找到一个双方都能接受的解决方案。如果无法达成一致，您可以考虑寻求专业的法律顾问帮助，以便更好地维护自己的合法权益。同时，也可以考虑通过法律途径解决争议，以确保自身利益得到保障。